Towards reproducible neuroimaging: Solutions for sharing and re-using brain imaging data

Vous êtes invité.e.s à venir assister à la soutenance HDR de Camille MAUMET (Equipe EMPENN) qui se tiendra le 8 février 2024 à 14h00, en Salle Pétri-Turing.

ATTENTION dans le cadre du plan VIGIPIRATE la règle suivante s'applique pour cet évènement :
L’accès du public à cette soutenance est contraint à une inscription préalable obligatoire auprès de : armelle [*] mozziconacciirisa [*] fr

L’accès ne sera pas autorisé sans inscription préalable. Par ailleurs, les visiteurs ne porteront ni bagage ni sac.

Résumé :

Il y a une dizaine d’années, une série de publications a mis en évidence la difficulté de reproduire des résultats publiés par le biais d’une nouvelle analyse. Ce phénomène - appelé par la suite crise de la reproductibilité - a ainsi été identifié dans de nombreux domaines scientifiques et a servi de signal d’alarme pour les communautés scientifiques afin qu’elles reconsidèrent la manière dont les recherches sont menées.

Depuis 2013, mes recherches se situent au carrefour de la reproductibilité et de l’imagerie cérébrale, un domaine connu sous le nom de reproductibilité de la neuroimagerie. Mes recherches suivent 3 directions principales :

1. L’ouverture des données de neuroimagerie,

2. l’étude de la vibration des effets en neuroimagerie,

3. la réutilisation des données de neuroimagerie.

Premièrement, j’ai contribué à l’ouverture des données de neuroimagerie en participant aux efforts de normalisation menés par la communauté, mais aussi à la définition de bonnes pratiques.

Deuxièmement, je me suis concentrée sur l’étude de la variabilité induite par différents pipelines et sur la manière dont cette variabilité peut impacter les conclusions scientifiques en neuroimagerie.

Troisièmement, j’ai étudié notre capacité à réutiliser les données de neuroimagerie. Le partage des données ayant pris une place plus importante dans le domaine, les possibilités de construire de nouvelles recherches sur des données pré-existantes se sont multipliées.

Enfin, au fil des années, j’ai également contribué activement à une science plus ouverte au travers de ma participation à des groupes nationaux et internationales tels que : le Comité français pour la science ouverte, Brainhack, l’International Neuroinformatics Coordinating Facility (INCF) ou l’Open Science Special Interest Group de l’Organization for Human Brain Mapping (OHBM).

Abstract

About 10 years ago, a series of publications pointed to the difficulty of reproducing published findings through a re-analysis. This phenomenon – later referred to as the reproducibility crisis – was identified in many scientific fields and acted as a wake-up call for scientific communities to reconsider the way research is carried out.

My research, since 2013, has been at the crossroads of reproducibility and brain imaging, a field known as neuroimaging reproducibility. My research has followed 3 main directions:

1. Opening up neuroimaging data,

2. Studying the vibration of effects in neuroimaging,

3. Reusing neuroimaging data.

First, I contributed to the drive towards neuroimaging data sharing with community-led standardisation efforts and with the development of best practices.

Second, I focused on studying the variability induced by different pipelines and how this can impact findings in neuroimaging.

Third, I investigated our ability to reuse of neuroimaging data. As data sharing has taken a larger place in neuroimaging, there are increased opportunities to build new research on pre-existing data.

Finally, throughout the years, I have also been an active contributor for a more Open Science and have participated in international and national groups including: the French open science committe, Brainhack, the International Neuroinformatics Coordinating Facility (INCF) or the Organization for Human Brain Mapping (OHBM) Open Science Special Interest Group.