1. Mouhamadou Ba, Sébastien Ferré, and Mireille Ducassé. Solving Data Mismatches in Bioinformatics Workflows by Generating Data Converters. Transactions on Large-Scale Data and Knowledge-Centered Systems (TLDKS), LNCS 9510:88-115, 2016. Keyword(s): workflow, data conversion, bioinformatics, type system. [Abstract] [bibtex-entry]

1. Mouhamadou Ba, Sébastien Ferré, and Mireille Ducassé. Convertibility between input and output types to help compose services in bioinformatics. In Colloque africain sur la recherche en informatique et mathématiques appliquées (CARI), pages 141-148, 2014. [bibtex-entry]



2. Mouhamadou Ba, Sébastien Ferré, and Mireille Ducassé. Generating Data Converters to Help Compose Services in Bioinformatics Workflows. In Hendrick Decker et al., editor, Int. Conf. Database and Expert Systems Applications (DEXA), LNCS 8644, pages 284-298, 2014. Springer. Keyword(s): workflow, bioinformatic, data converter, convertibility, rule system. [Abstract] [bibtex-entry]



3. Mouhamadou Ba. Guided Composition of Tasks with Logical Information Systems - Application to Data Analysis Workflows in Bioinformatics. In P. Cimiano, O. Corcho, V. Presutti, L. Hollink, and S. Rudolph, editors, Extended Semantic Web Conf., LNCS 7882, pages 661-665, 2013. Springer. [bibtex-entry]



4. Nicolas Béchet, Peggy Cellier, Thierry Charnois, and Bruno Crémilleux. Fouille de motifs séquentiels pour la découverte de relations entre gènes et maladies rares. In S. Szulman and J. Charlet, editors, Journées francophones d'ingénierie des connaissances, pages 149-164, 2012. INSERM UMPC. [WWW] Keyword(s): data mining, sequential patterns, relationships, bioinformatics, rare disease, natural language processing. [bibtex-entry]



5. Nicolas Béchet, Peggy Cellier, Thierry Charnois, and Bruno Crémilleux. Sequential Pattern Mining to Discover Relations between Genes and Rare Diseases. In IEEE Int. Symp. on Computer-Based Medical Systems (CBMS), pages 1-6, 2012. Keyword(s): data mining, sequential patterns, relationships, bioinformatics, rare disease, natural language processing. [bibtex-entry]



6. Sébastien Ferré and R. D. King. BLID: an Application of Logical Information Systems to Bioinformatics. In P. Eklund, editor, Int. Conf. Formal Concept Analysis, LNCS 2961, pages 47-54, 2004. Springer. Keyword(s): logical concept analysis, information system, bioinformatics. [Abstract] [bibtex-entry]

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