Architectures for biological sequence comparison

Thèse

1. P. Gerdoux-Jamet. Mise en \oeuvre de logiciels de comparaison de séquences sur des machines spécialisées systoliques. Applications à l'analyse de génomes.  Thèse de l'Université de Paris 6, Septembre 1997.

Article de journaux

1. D. Lavenier. Speeding up genome computations with a systolic accelerator.  SIAM news, 31(8):1-7, Octobre 1998.
2. P. Guerdoux-Jamet, D. Lavenier. SAMBA: Hardware Accelerator for Biological Sequence Comparison.  CABIOS, 13(6), Décembre 1997.
3. D. Lavenier. Dedicated Hardware for Biological Sequence Comparison.  Journal of Universal Computer Science, 2(2):77-86, Février 1996.
4. P. Guerdoux-Jamet, J.L. Risler. Searching for a family to orphan sequences with SAMBA, a parallel hardware dedicated to biological applications.  Biochimie, 78, 1996.
5. L. Audoire, J.J. Codani, D. Lavenier, P. Quinton. Machines spécialisées pour la comparaison de séquences biologiques.  Technique et science informatiques, 14(1):9-22, Janvier 1995.
6. P. Guerdoux-Jamet, A. Hénaut, P. Nitschké, J.L. Risler, A. Danchin. Using codon usage to predict genes origin: is the Escherichia coli outer membrane a patchwork of products from different genomes?.  DNA research, 0.

Conférences Internationales

1. D. Lavenier, J.L. Pacherie. Parallel Processing for Scanning Genomic Data-Bases.  PARCO'97, Bonn, Septembre 1997.
2. P. Guerdoux-Jamet, D. Lavenier, C. Wagner, P. Quinton. Design and Implementation of a Parallel Architecture for Biological Sequence Comparison.  EURO-PAR'96 Parallel Processing, L. Bougé et al. (ed.), LNCS, pages 11-24, Août 1996.
3. P. Guerdoux-Jamet, D. Lavenier. Systolic Filter for Fast DNA Similarity Search.  International Conference on Application Specific Array Processors - ASAP'95, pages 145-156, Strasbourg, Juillet 1995.

Conférences Nationales

1. D. Lavenier. Architecture Parallèle pour la comparaison de séquences biologiques.  École d'été du CNRS sur le parallélisme, Lyon, Juillet 1994.

Rapports de recherche

1. D. Lavenier. SAMBA: Systolic Accelerator for Molecular Biological Application.  Rapport de Recherche IRISA, No988, Mars 1996.
2. L. Audoire, J.J. Codani, D. Lavenier, P. Quinton. Machines spécialisées pour la comparaison de séquences biologiques.  Rapport de Recherche Irisa, No795, Janvier 1994.

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