SSEARCH

• Disponible dans le "package" FASTA

• Développé par W.R. Pearson
  • ref : (1991) Genomics 11:635-650

• Exploration des banques

• Algorithme de Smith et Waterman
  • ref : (1981) J. Mol. Biol 147:195-197
  • Modélisation insertion/omission
  • Recherche de similarités locales

• Reconnaisance automatique ADN/protéine

• Temps de calcul important